Pirmieji krikščionybės žingsniai Lietuvoje buvo žengti karaliaus Mindaugo laikais, kai 1251 metais Mindaugas, jo žmona Morta, du sūnūs ir didelis būrys dvariškių buvo pakrikštyti. Tačiau krikščionybė įsigalėti pradėjo tik tada, kai Algirdo sūnui Jogailai, jau po tėvo mirties tapusiam Lietuvos didžiuoju kunigaikščiu, buvo pasiūlytas Lenkijos sostas ir karalaitės Jadvygos ranka. Jogaila pasižadėjo pasikrikštyti pats ir apkrikštyti visą Lietuvą. Jis su savo broliais ir priėmė krikštą 1386 metais, o 1387-aisiais prasidėjo Lietuvos krikštijimas. Tačiau praėjo dar apie du šimtus metų, kol žmonės pamiršo senąjį - pagonių tikėjimą, kol krikščionybė įgavo didesnių teisių.
Iš kartų į kartas perduodamas pasakojimas byloja, jog Užpalių krašto žmonės buvę krikštijami Šventosios upėje, tuojau už Degėsių kaimo, kur prasideda miškas. Prieš porą šimtų metų ties ta vieta dar stovėjęs tvirtas akmeninis kryžius. Tačiau, upės srovei paplovus krantą, kryžius dingęs Šventosios gelmėje. Vėliau čia buvo pastatytas medinis kryžius, kuris sovietmečiu kai kuriems „veikėjams" tiesiog badė akis.
Bajorų kaimo gyventojas Simanas Jovaras pasakodavo, kaip kartą, išvarytas į pastotę, vežęs Užpalių skrebus į Dusetas. Važiuojant pro Degėsių mišką, vienas skrebų - Povilas Repšys iššokęs iš vežimo ir puolęs prie kryžiaus, stovinčio ant upės kranto, ėmęs ji spardyti kojomis, daužyti kumščiais. Neįveikė.
Praėjo gal koks dešimtmetis, ir tas pats P. Repšys neteko kojų - dėl kažkokios ligos jos buvo amputuotos. Žmonės sakydavo: „Čia jam už kryžiaus ir žuvusiųjų partizanų spardymą".
Istorija neišsaugojo tikslių žinių, kada Užpaliuose buvo pastatyta pirmoji bažnyčia. Pirmosios žinios apie ją užfiksuotos 1532 metais, kai Lenkijos ir Lietuvos valdovas Žygimantas II įsakė duoti Utenos ir Užpalių klebonui Jurgiui Chvalčevskiui iš Užpalių ir Penionių dvarų dešimtinę vaško bei avižų, kaip ir anksčiau buvę duodama. Iš įsakymo aišku, kad Utenos ir Užpalių klebonas pasiskundė valdovui, jog minėti dvarai nustoję tą duoklę mokėti. Vadinasi, ankstesnieji klebonai tą duoklę gaudavo. Iš to galima daryti išvadą, kad bažnyčia Užpaliuose jau buvo anksčiau nei 1532 metais. Užpalių krašto tyrinėtojo Antano Namiko manymu, pirmoji bažnyčia galėjo būti pastatyta „po pilies sudeginimo, po 1433 metų".
Prasidėjus Lietuvoje reformacijos sąjūdžiui, 1611 m. Užpaliuose buvo susikūrusi reformatų parapija. Bažnyčia perėjo į jos rankas, tačiau netrukus vėl grįžo katalikams.
Iki 1725 metų Utenos ir Užpalių bažnyčia turėjo bendrą kleboną. Mūsų bažnyčią aptarnaudavo Užpalių dvaro kapelionas. Bet apie 1725 metus Užpaliai atsiskyrė ir įgavo teisę turėti savo kleboną. Jis tada vadinosi kuratu. Pirmasis Užpalių bažnyčios kuratas 1775-1734 metais buvo kun. Dominykas Sadzevičius.
1734 metais vyskupo Zenkevičiaus sinodas suteikė Užpaliams parapijos teises. Parapija priklausė Vilniaus vyskupijos dekanatui.
1839 m. gruodžio 13 d. Vilniaus vyskupas Andrejus Klangevičius Utenos klebonui Petrui Staševičiui pranešė apie Utenos dekanato įsteigimą. Dekanatui priskirtos Utenos, Linkmenų,Lababanoro, Kuktiškių, Molėtų, Alantos, Leliūnų, Užpalių, Vyžuonų, Sudeikių parapijos. Dekanu patvirtintas Utenos klebonas Petras Staševičius.
1894 metais aštuoni Vilniaus vyskupijos dekanatai, tarp jų ir Utenos, priskirti Žemaičių vyskupijai. 1926 m. Utenos dekanatas pateko naujai įkurtos Panevėžio vyskupijos žinion.
Apie 1750 metus Užpalių parapijos klebonas kun. Petras Staševičius nugriovė senąją bažnytėlę ir vietoj jos pastatė naują, taip pat medinę. Jo jpėdinis kun. Michaelis Korgautas pastatą apmušęs lentomis.
1781 metais Užpalių bažnyčiai priklausė 4003 parapijiečiai.
1783 metų liepos mėnesį, smarkiai vėjui nuo Vyžuonų pusės pučiant, užsidegė Namiko, gyvenusio dabartinės J. Basanavičiaus gatvės gale, namai. Ugnis persimetė net į miestelio centrą, nušluodama daug sodybų. Sudegė ir bažnyčia. 1787 metais klebono Adomo Legovičiaus rūpesčiu ji buvo atstatyta.
1884 metais senosios bažnyčios vietoje pradėta statyti mūrinė. Jos statyba pareikalavo klebono Kazimiero Kosminskio ir parapijiečių rūpesčių, lėšų ir darbo. Pirmiausia reikėjo nuspręsti, kokio didumo bažnyčią statyti. Tuo tikslu šv. Velykų ryta susirinkusiems parapijiečiams buvo išdalytos numeruotos kortelės. Jas surinkus, buvo apskaičiuota, kokio dydžio bažnyčios reikia, kad tilptų visi norintieji dalyvauti pamaldose. Pamaldos laikinai vykdavo klebonijos klojime. 1892 metais bažnyčios statyba buvo baigta, o 1898 m. birželio 4 dieną ją pašventino vyskupas Gasparas Felicijonas Cirtautas.
Juozas Gabė, miręs tuoj po Antrojo pasaulinio karo, sakydavo prisimenąs, kaip statė Užpalių bažnyčią. Kažkoks inžinierius vadovavęs ir plytų gamybai, ir statybos darbams. Kai iškasę tranšėjas pamatams, iš paversmių ėmęs labai veržtis vanduo, tad statybininkai rišę dervuotus rąstus ir dėję į pamatų griovius, kad būtų galima betonuoti. Dėl to ir bažnyčios bokštai esą žemesni, negu buvo numatyta projekte.
Nors bažnyčios statyba tęsėsi keletą metų, dauguma parapijiečių buvo kantrūs, be to, gyveno pasiturimai ir statybą dosniai rėmė. Todėl 1898 metais buvo parsisiųsdinta du svarai aukso bažnyčios vidaus puošybai,
Iš kurios tik pusės į Užpalius keliautum - nuo Vyžuonų ar nuo Sudeikų, nuo Jūžintų ar nuo Svėdasų, pirmiausia ne patį miestelį Šventosios slėnyje pamatysi, o į dangų kylančius du raudonuojančius bažnyčios bokštus. Užpalių bažnyčia - raudonų plytų mūro stačiakampis pastatas su gotiškojo ir romaniškojo stiliaus žymėmis. Centrinė fasado dalis su trikampiu frontonu patraukta priekin. Du fasadiniai bokštai keturių nevienodo aukščio tarpsnių su plačiais karnizais. Jų stogai - smailios piramidės su kryžiais, kuriuos nukalęs užpalėnas kalvis Prievelys. Portalas turi pusapvalę arką ir trikampį sandriką. Portalo anga trijų juostų, laipsniškai siaurėjanti. Bažnyčios ilgis - 35 metrai, plotis -18 m, sienų aukštis - 8 m.
Interjeras padalytas į tris išilgines navas. Be to, yra presbiterija, zakristija, prieangis. Abiejose pusėse - po penkis langus, prie bokštų - du maži ir du dideli. Iš frontono - vienos durys, iš šono - dvejos. Grindys bažnyčioje buvo pušinių lentų, tik aštuntajame dešimtmetyje kun. J. Sumskis pasistengė, kad būtų sudėtas lentelių parketas.
Iš pradžių bažnyčioje buvo trys altoriai: didysis - Švenčiausiosios Trejybės, šoniniai - Švenčiausiosios Mergelės Marijos ir Švento Juozapo. Sakykla medinė, pagražinta drožiniais. Buvo vienuolika klausyklų. Vargonai - 16 balsų, laikomi istoriniu paminklu.
Šventorius 9 metrų platumo aplink visą bažnyčią, aptvertas mūru, vidinėje pusėje tinkuotu. Nuo gatvės - graži ažūrinė (permatomų pinučių) raudonų plytų su mūro stulpeliais tvora. Šventoriuje buvo prisodinta kaštonų ir klevų. 1958 m. kalvis Petras Sniečkus nukalė naujus metalinius vartus šventoriui ir kapinėms. 1924 m. bažnyčia apdengta cinkuota skarda (11 000 Lt). 1925 m tuometiniam klebonui Jonui Jarašiūnui pakvietus, menininkas P. Čižauskas išdekoravo bažnyčios vidų (12 000 Lt).
1933 m. įrengti du nauji altoriai: Švenčiausios Jėzaus širdies ir Švento Antano. Tai užpalėno meistro, ilgamečio bažnyčios zakristijono Felikso Vaškelio rankų darbas. Jo padaryta klausykla stovi ir zakristijoje.
1935 metais padarytos keturios naujos, gražesnės klausyklos. Tais pat metais savivaldybės nurodymu palei bažnyčią įr kleboniją nutiestas šaligatvis.
Turėjo Užpalių bažnyčia ir šiokio tokio turto, nors didesnio kapitalo nesukaupė. XVIII a. viduryje klebonas Petras Staševičius (1754-1767) įsigijęs bažnyčiai Krimblių (Armališkės) palivarką. Keletą trobesių turėjo miestelyje. Tai medinė klebonija, statyta 1883 m., mūrinis namas (špitolė) bažnyčios tarnams bei tvartas, arklidė, diendaržis, svirnas, klojimas, daržinė, pirtis. Be to, 1933 m. pastatyta prieglauda beturčiams, kur gyveno apie 30 žmonių, 1938 m. - parapijos namai su didele sale.
Beneficijai priklausė apie 30 dešimtinių žemės už miestelio, prie Užpalių-Dusetų vieškelio. Taip pat dar buvo „kalionija" - 22,5 dešimtinės, o prie klebonijos - 8 dešimtinės daržams. Sodas užėmė apie dešimtinę.
Bažnyčia buvo įsigijusi sidabrinių, pasidabruoto ir paauksuoto vario bei bronzos bažnytinių indų, varpelių, žvakidžių, kryželių ir kt., brangių ir puošnių apeiginių drabužių. Pavyzdžiui, užpalėnės ūkininkės Sakalnikienės bažnyčiai dovanota balta kapa kainavo 8 tūkstančius auksinų. Gražių pirkinių ar savo darbo dovanų - paveikslų, užtiesalų, nėrinių yra paaukojusios V. Tarvydienė, V Buzelytė, M. Kazarauskaitė ir kt. Kun. F. Gureckas iš JAV atsiuntė medžiagos penkiems arnotams pasiūti. Bažnyčia metai po metų vis buvo puošiama naujomis šventųjų statulomis ar paveikslais, pasirūpinta klauptais bei patogiais suolais besimeldžiantiems.
1939 metaia per audrą žaibas apgadino bažnyčios bokštą. 1958 m. K. Laurinavičius įrengė žaibolaidžius.
Labai daug energijos ir jėgų į bažnyčios veiklos atgaivinimą įdėjo anksčiau čia dirbęs klebonas kun. Juozapas Šumskis. Jis pasirūpino, kad būtų sudėtos naujos grindys. Įvestas šildymas, suremontuotas stogas. Jei nebuvo darbininkų, net ant bažnyčios stogo kopė pats klebonas. Savo sveikatos klebonas J. Šumskis negailėjo ir statant naująją kleboniją. Parapijiečiai priprato ir nebesistebėjo, kad klebono rankos sudiržusios, suskeldėjusios. Uolus jo talkininkas buvo Kastytis Krikščiukaitis, Kauno tarpdiecezinės kunigų seminarijos klierikas, o vėliau - ir kunigas.
Uienos ir Užpalių klebonai
Gregorijus Chvalčevskis i532 m.
Andrejus Tomaševičius 1584 m.
Stanislovas Kotovičius 1678-1686
Michaelis Puzyna de Kozelok 1686-1725
Dominykas Sadzevičius 1725-1734
Užpalių parapijos klebonai (po atsiskyrimo nuo Utenos)
Nikolajus Slabodžinskis 1734-1754
Petras Staševičius 1754-1764
Michaelis Korgautas 1764-1775
Adomas Juozapas Legovičius 1776-1804
Juozapas Baueris 1805-1828
Kazimieras Dopševičius 1828-1844
Silvestras Grubinskis 1845-1853
Jokūbas Plevakas 1853-1856
Aleksandras Jakovičius 1857-1860
Jonas Pacevičius 1860-1864
Pranciškus Staškovskis 864-1868
Pranciškus Jastrembskis 1868-1869
Petras Vaitkevičius 1869-1873
Kazimieras Kosminskis 1873-1914
Jonas Jarašiūnas 1914-1928
Antanas Paurys 1929-1949
Antanas Kairys 1949-1953
Bronius Novelskis 1953-1957
Mykolas Mikeliūnas 1957-1970
Titas Vinkšnelis 1970-1972
Juozapas Šumskis 1972-1992
Edmundas Rinkevičius nuo 1992
Jonas Bučelis nuo 2003
Ištrauka iš Stanislovo Balčiūno ir Vandos Kuliešienės knygos „Užpaliai mūsų svajonių kraštas" (1999 m.).
